Sytuacja, w jakiej znalazła się Polska, spowodowana była nie tylko agresją przeważających sił wroga pod znakomitym dowództwem, ale również, a może przede wszystkim, narastającym rozkładem wewnętrznym Rzeczypospolitej, w której prywatę, anarchię, lekkomyślność i życie ponad stan łatwiej można było znaleźć niż patriotyzm, poszanowanie praw czy poczucie obowiązku, które nakazywała tradycja. Dlatego Sienkiewicz nie szczędził słów krytyki tym, którzy przewodzić mieli krajowi, którzy z racji urodzenia czy przywilejów zobowiązani byli go bronić. Pospolite ruszenie, powołane do obrony granic, gromadziło szlachtę, dla której własne sprawy, wygodnictwo życia i światek zamknięty w granicach majątku ważniejsze były od działania "pro publico bono" (dla ogólnego dobra). Najmocniejsze zarzuty kieruje pisarz pod adresem magnatów, którzy korzystając z ogólnego zamętu, usiłowali wzmocnić potęgę swych rodów, lub jak Janusz Radziwiłł, stworzyć dla siebie tron królewski. Prawdziwe oblicze pysznego magnata, o którym dotąd mówiono jak o wielkim patriocie, ukazuje w powieści pamiętna uczta w Kiejdanach.

Kiedy sytuacja Rzeczypospolitej wydaje się zupełnie beznadziejna, autor wprowadza do akcji nowy wątek, który stopniowo się rozrasta i w końcu zmienia bieg wydarzeń. Oto w różnych rejonach kraju pojawiają się oddziały podejmujące na własną rękę walkę ze Szwedami. Z dnia na dzień niemal rośnie ich liczba, aż wreszcie na Podlasiu powstaje konfederacja wojskowa, której dowódcą był wojewoda witebski Sapieha. Pierwsze zwycięstwa i bohaterska obrona Częstochowy budzą nadzieję, porywają do walki całe rzesze Polaków. Optymizmu dodawał również fakt powrotu ze Śląska króla Jana Kazimierza, który poprzez uniwersały nawoływał szlachtę do powszechnego oporu.

       "Wszędy, w najodleglejszych ziemiach i powiatach, po grodach, wsiach,
       osadach, niedostępnych puszczach, podnosiła płomienną głowę straszliwa
       wojna pomsty i odwetu. Im niżej poprzednio upadł naród, tym wyżej teraz
       podnosił głowę, przeradzał się, ducha zmieniał".

Walkę podjął cały naród, szlachtę wspierali mieszczanie i chłopi. Ich uporczywa walka na tyłach frontu była nie mniej potrzebna jak na polach bitew. Dzięki żywiołowej, ogólnonarodowej walce wyzwoleńczej, Polska odnosi zwycięstwo nad Szwedami. We wrześniu 1656 roku w bitwie pod Prostkami ostatecznie rozgromiono armię szwedzką.

  Obok postaci historycznych (Jana Kazimierza, Czarnieckiego, Sapiehy, Lubomirskiego, Księdza Kordeckiego), które brały czynny udział w przebiegu wypadków, występują również postacie fikcyjne, będące jednocześnie głównymi bohaterami "Potopu". Są to: Kmicic, Oleńka, Zagłoba, Wołodyjowski. Bez ich udziału nie byłoby pełnego zwycięstwa.

Dzieje Kmicica przedstawił Sienkiewicz w taki sposób, że utożsamiać je można z ówczesnymi losami Rzeczypospolitej. Jego porywczy charakter i szlachecka buta były przyczyną jego wielu przewinień, jak choćby pobyt w Lubiczu, zakończony pijatyką, strzelaniną i polowaniem na dziewczęta, czy najazd na Wołmontowicze, gdzie wymordował wszystkich mieszkańców zaścianka. Powoli traci swe dobre imię. Jego służba przy boku Janusza Radziwiłła była w oczach ludzkich hańbą i dowodem zdrady ojczyzny. Upadek moralny Kmicica zestawić można z upadkiem Polski. Rozmowa z Bogusławem Radziwiłłem uświadamia mu tragiczną pomyłkę, którą popełnił zawierzając Januszowi Radziwiłłowi. Podejmuje próbę oczyszczenia siebie z win poprzez służbę ojczyźnie. Bierze udział w obronie Jasnej Góry, bohatersko broni króla przed Szwedami podczas jego powrotu do kraju. Obrona Częstochowy i powrót Jana Kazimierza to również dla Polski dwa istotne wydarzenia, które odmieniły zarówno losy wojny, jak i samych Polaków. Scena w kościele w Upicie, gdy po nabożeństwie przeczytano list królewski, ogłaszający całkowitą rehabilitację Andrzeja Kmicica, zbiega się z ostatecznym zwycięstwem nad Szwedami, które rehabilitowało Polaków w ich własnych oczach i oczach Europy.